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Entre los proyectos de investigación y desarrollo llevados a cabo en CETEMAR, muchos están relacionados con la seguridad marítima en general y en particular, con el desarrollo de complejos sistemas, aplicación de tecnologias avanzadas y la determinación de procedimientos y criterios educativos dirigidos a marinos profesionales.

Los proyectos de investigación en programas financiados por la Unión Europea incluyen EURET, EUREKA, HALIOS, MACNET-FORMAC, IV y V Programa Marco, en asociación con prestigiosas empresas e instituciones, y proyectos específicos (PHOENIX, MASIS, METNET, ATOMOS ...) financiados por las Direcciones Generales de la Comisión de la Unión Europea, entre las que destacan DGV, DGTREN (ex DGVII), DGXIV y el Parlamento Europeo.

CETEMAR es miembro de asociaciones internacionales, la Hydrographic Society, AMRIE y ACRSO (Centro Atlántico para la Detección Remota de los Océanos) y es miembro fundador del INSTITUTO DE NAVEGACIÓN DE ESPAÑA.